К сожалению, период наивысшего расцвета Союза Русского Народа стал и временем начала внутренней борьбы и усобицы внутри Союза. Началось все с борьбы за власть между председателем Главного Совета Александром Дубровиным и товарищем председателя Совета Владимиром Пуришкевичем. Последний, взяв на себя всю организационную работу, а также издательскую деятельность, постепенно начал вести себя как фактический руководитель Союза. Пуришкевич не стеснялся рассылать циркуляры по Союзу за своей подписью, не считал нужным согласовывать свои действия с Дубровиным и Главным Советом, пытался самостоятельно определять стратегию организации и т.д.
В результате произошел неизбежный конфликт между Дубровиным и Пуришкевичем. На одном из съездов Союза летом 1907 года по инициативе сторонников Дубровина было принято специальное постановление, смысл которого состоял в том, что ни один из документов Союза Русского Народа не может считаться таковым, если он не заверен личной подписью председателя. Это постановление не оставляло амбициозному Пуришкевичу никаких шансов стать во главе Союза, к чему он, несомненно, стремился.
В тоже время, и среди некоторых других членов Союза назревало недовольство «диктаторской» политикой Дубровина. Так, группа членов-учредителей Союза Русского народа, среди которых были В.Л.Воронков, В.А.Андреев и др., обратилась к видному союзнику, члену Главного Совета Союза — графу А.И.Коновницыну с жалобой на поведение Дубровина, на отсутствие финансовой отчетности в Союзе и другие нарушения устава. Оскорбленный Дубровин заявил, что он «родил Союз», а когда Союз окреп и разросся, его хотят отстранить от руководства организацией «как ненужную вещь», потребовал исключить протестантов из Союза.
Сложившейся ситуацией воспользовался Пуришкевич, не смирившийся с тем, что его попытка узурпирования власти в Союзе была пресечена, и 8 ноября 1907 года вместе с покинувшими, либо исключенными членами Союза Русского Народа создал новую черносотенную организацию — Русский Народный Союз имени Михаила Архангела. Единственным существенным отличием новой организации от Союза Русского Народа было признание Государственной Думы и, соответственно, необходимости для монархистов стремиться к участию в ее работе.
Между тем, расколы внутри Союза начались и на региональном уровне. В марте 1908 года раскол произошел в Одесском отделе Союза Русского Народа, в результате которого сторонники графа А.И.Коновницына исключили из Союза обвиненного в клевете видного одесского черносотенца Б.А.Пеликана и группу его единомышленников. Схожая ситуация произошла и в Москве. В конце июня 1908 года группа учредителей московского отдела Союза добилась отстранения с руководящих должностей в губернском Совете протоиерея Иоанна Восторгова и архимандрита Макария (Гневушева), и передачи полномочий председателя Совета основателю московского отдела Н.Н.Ознобишину. В ответ группа сторонников о. Иоанна Восторгова в ноябре того же года учредила самостоятельный Московский Союз Русского Народа, — независимую от Главного Совета организацию. В свою очередь, Главный Совет Союза Русского Народа, возглавляемый Дубровиным зачислил Московский Союз Русского Народа в число враждебных и сугубо вредных организаций, а Пуришкевич, возглавивший Русский Народный Союз имени Михаила Архангела, поспешил наладить с протоиереем Восторговым самые тесные отношения.
Все эти неурядицы и столкновения личных амбиций и самолюбий вносили разброд и шатание в ряды союзников, но до поры до времени не могли разрушить Союз. Однако вскоре в Союзе Русского Народа произошел настоящий раскол. Камнем преткновения для Черной Сотни стало отношение к Манифесту 17 октября и Государственной Думе, которые ставили монархистов в двусмысленное положение. С одной стороны, как истинные сторонники Самодержавия они не могли не отвергать любое поползновение на ограничение власти Царя, а Манифест положил этому начало. С другой стороны, Манифест был дан Государем, а потому всякий монархист-черносотенец был обязан ему повиноваться. Эта коллизия, наряду с личными амбициями членов организации стала одной из причин раскола крупнейшей черносотенной организации Российской Империи.
Если Дубровин являлся принципиальным противником Государственной Думы и выступал за неограниченное Самодержавие, то другой видный член Союза, депутат Государственной Думы и лидер курских черносотенцев Н.Е.Марков утверждал, что Дума вовсе не ограничивает Самодержавия и без нее «России не существовать». Противоречия между Дубровиным и Марковым отражали действительно серьезную проблему. Дубровин был прав в недоверии к бюрократии и к Думе, справедливо подозревая сановников и депутатов в том, что они при случае предадут Царя. В свою очередь Марков был прав в понимании идеи Монархии, в том, что главная добродетель монархиста — повиновение воле Государя.
Результатом этих противоречий стал затяжной (с 1909 по 1912 год) и мощный раскол Союза Русского Народа, от которого организация так и не смогла оправиться. Начался раскол с предательства одного из близких к Дубровину членов Союза Пруссакова, который из корыстных соображений в начале 1909 года вышел из Союза и опубликовал в газетах сведения о причастности Дубровина и других руководителей организации к убийству депутата-еврея Герценштейна. Одновременно была предпринята попытка отравить Дубровина. Больной лидер Союза, опасаясь пристрастного финляндского суда (Герценштейн был убит на территории Финляндии), уехал в Ялту, под защиту ялтинского градоначальника и покровителя Союза генерала И.А.Думбадзе. Этими обстоятельствами решили воспользоваться противники Дубровина в Союзе.
Результатом ослабления позиций председателя Союза стал «тихий переворот» в Союзе. Началось с того, что в декабре 1909 года, пользуясь отсутствием Дубровина в Петербурге, провела на должность товарища председателя Главного Совета Союза руководителя петербургского отдела, человека умеренных взглядов графа Эммануила Ивановича Коновницына. Дубровину было предложено сложить с себя председательские полномочия и остаться лишь в должности почетного председателя и основателя Союза, а всю текущую работу передать в руки своего нового заместителя. Затем, в течение 1910 года из состава Главного Совета были выведены все сторонники бывшего председателя, а вместо контролируемого Дубровиным «Русского знамени», органами нового Главного Совета стали газета «Земщина» и журнал «Вестник Союза Русского Народа». Таким образом, руководство Союза Русского Народа было полностью обновлено, в связи с чем, противники Дубровина захватившие власть в Союзе стали именоваться «обновленцами» или «басковцами» (по месту расположения обновленного Главного Совета, который из дома Дубровина переехал в помещение, находящееся в Басковом переулке).
Между тем, сторонники Дубровина не смирились с переворотом в Союзе и начали борьбу за местные отделы Союза. В провинцию устремились агитаторы и от противников Дубровина. В конце 1911 года сторонники Дубровина провели в Москве съезд, на котором был упразднен «обновленческий» Главный Совет во главе с графом Коновницыным и был избран новый. Его возглавили Дубровин и два его заместителя — купчиха Е.А.Полубояринова и академик А.И.Соболевский. В ответ на действия «дубровинцев» их противники провели в мае 1912 года свой съезд, который принял прямо противоположные решения. Выходом из этой тупиковой ситуации стало создание Дубровиным в августе 1912 года самостоятельного Всероссийского Дубровинского Союз Русского Народа. А в ноябре того же года Союз Русского Народа официально возглавил Николай Марков.
Таким образом, с 1912 по 1917 год в России параллельно существовало сразу два Союза Русского Народа, что не могло не нанести непоправимого ущерба престижу организации, не оттолкнуть от погрязшего в раздорах Союза части его членов и переносу раскола на местные организации, многие из которых просто перестали существовать. Словом, черносотенцы уничтожали сами себя. «И как правительству опираться на нас, — с горечью писал архимандриту Макарию (Гневушеву) о. Иоанн Восторгов, — если мы сами друг друга едим».
Несмотря на попытки союзников преодолеть пагубный раскол, объединиться монархистам-черносотенцам так и не удалось. С 1912 Союзы Русского Народа — Дубровинский и Марковский — двигались параллельными курсами, принимали по сути одинаковые решения, боролись с одними и теми же врагами, но тщательно избегали даже намека на родство между двумя организациями, предпочитая действовать обособленно. В результате, расколы и внутренняя борьба внутри когда-то крупнейшей и влиятельнейшей черносотенной организации Союза Русского Народа привели к 1917 году практически к параличу деятельности Союза, не оказавшегося в новых условиях способным противостоять революции.